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命令行方式 ​

一、命令行 E-Term介绍 ​

E-Term 是一个web版的linux终端，如下图所示：

img

  • 左侧的会话区域，你可以选择进入资源账号，访问计算资源；
  • 点击新建会话，可以新建您的会话，填写名称、主机、端口号、协议、用户名、密码/密钥；
  • 点击文件管理按钮, 可以进入当前资源账号下的文件夹；
  • 点击快捷键工具按钮 ，可以查看组合键快捷操作（复制、粘贴、锁住终端、另起一行等）；
  • 点击修改样式按钮，可以设置您的主题、字体及字号大小；
  • 如果分屏操作按钮，可以进行自定义分屏，多开窗口进行工作。

二、命令行提交作业 ​

您可以在E-Term中提交作业（以vasp 6.4.3 软件为例）

2.1 输入文件 ​

进行VASP优化计算时，您的计算资源下应该已经成功安装VASP 6.4.3软件版本并成功加载软件环境，vasp 6.4.3 版本需要准备以下五个关键文件：

POSCAR：文件提供了计算模型的原子结构信息，包括晶胞参数和各原子的坐标位置，是VASP进行结构分析和优化的主体。

INCAR：文件定义了VASP计算的任务类型及计算参数，指导VASP进行何种物理性质的计算以及如何执行这些计算。

KPOINTS：文件包含了计算所需的K点网格信息，K点是在布里渊区内对电子态进行采样的点。

POTCAR：文件包含了计算过程中每个原子所使用的赝势信息。

2.2 提交脚本 ​

**提交脚本：**命令行运行VASP计算，需要编写一个提交脚本，该脚本包含了调用计算所需资源和环境、运行VASP可执行文件等相关内容，可使用该脚本投递作业到脚本中指定的计算资源。vasp软件提交脚本内容如下：

slurm-vasp.sh 脚本

Bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p q_ys_test1
#SBATCH -J vasp_test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 56
#SBATCH -o out.log
#SBATCH -e error.log

source /sh3/ysuanbase/home/yeesuanxxxx /yeesuan/envs/vasp643_env.sh

mpirun -np 56 vasp_std

2.2 上传输入文件 ​

请建立文件夹并传入INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS四个输入文件

并将提交脚本slurm-vasp.sh 放在当前工作目录下（不同应用、不同账号路径有所不同，请以具体情况为准 )，此时工作目录下有5个文件分别为INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS、vasp.slurm，提交脚本中的使用资源情况可根据算例情况自行修改。

2.3 提交作业 ​

提交作业命令：sbatch slurm-vasp.sh（提交后会有作业号生成）

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2.4 README ​

README 中写清楚用户的注意事项，如果使用过程中有疑问，可以查看README 的内容。

（不同应用、不同账号README 有所不同，请以具体情况为准 )

Bash
1. vasp643单独加载方式: source /sh3/ysuanbase/home/yeesuanxxx/yeesuan/envs/vasp643_env.sh

2. 作业提交脚本：~/yeesuan/test/slurm-vasp.sh

3. 提交方式：sbatch slurm-vasp.sh

4.登陆节点只能用来进行数据上传、软件安装或编辑编译工作，不能运行程序，请将程序（作业）提交至计算节点运行！

  管理员发现用户在登陆节点运行程序，会杀掉该程序!

  如果要删除文件请谨慎使用rm *命令，以免造成损失！

2.5 命令行提交说明 ​

说明：所有软件都支持命令行提交，但提交方式需要用户有一定的linux环境使用经验，熟悉slurm作业调度系统.

注意：作业完成后会自动终止运行，无需手动进行取消操作，且作业结束后将停止计费。

提交作业后，可在作业管理栏查看作业状态，具体见作业管理部分讲述。